3月13日上午，第十三届全国人民代表大会第一次会议举行第四次全体会议。会议听取了国务委员王勇关于国务院机构改革方案的说明。
根据此次国务院机构改革的具体方案，水利部职责将进一步优化。
考虑到三峡主体工程建设任务已经完成，南水北调东线和中线工程已经竣工，方案提出，将国务院三峡工程建设委员会及其办公室，国务院南水北调工程建设委员会及其办公室并入水利部。不再保留国务院三峡工程建设委员会及其办公室、国务院南水北调工程建设委员会及其办公室。
此外，水利部原有的水资源调查和确权登记管理职责，将被整合入新组建的自然资源部；编制水功能区划、排污口设置管理、流域水环境保护职责，被整合入新组建的生态环境部；农业投资项目管理职责，整合入新组建的农业农村部；水旱灾害防治职责，整合入新组建的应急管理部。
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